MERFISH超分辨率空间转录组服务

  2021年，美国Vizgen公司发布了商品化的MERFISH超分辨率成像分析系统MERSCOPE™。2022年基因集团签约成为中国总代理，国内率先引进MERSCOPE^TM超分辨率显微成像分析系统，上海贝晶生物技术有限公司正式推出MERFISH超分辨率空间转录组服务。

样本类型与准备：

  目前接受冰冻组织和细胞样本，FFPE样本方案也会在短期内推出。有详细的样品准备流程，欢迎咨询。

Panel 的设计与规格：

  Vizgen有官方的gene panel设计门户网站（portal.vizgen.com），只需输入自己感兴趣的基因名称就可以设计您的Panel。目前gene panel有140、300和500三种规格。

物种和组织类型：

  目前MERFISH已经在20多种组织中进行过验证，包括小鼠的肝脏、胰腺癌、大脑、肾脏、睾丸、视网膜、肌肉以及人类的肺癌异种移植物、肺癌、肝癌、结肠癌、卵巢癌、脑癌、主动脉、皮肤、DRG和肺。其他物种和组织在持续测试和优化中，如果以上没有您要研究的物种和组织，欢迎联系我们详细交流。

标准服务流程：

以冰冻组织为例：

标准报告内容：

  除标准报告外，贝晶还可为您提供高级及定制数据分析服务，欢迎咨询！

MERFISH空间转录组技术的优势

1. 高分辨率：≤100nm分辨率，在亚细胞水平上定位RNA转录本。

2. 高灵敏度：无需测序，能检测到其它方法检测不到的低表达基因。

3. 高度多重：客户自定义gene panel设计，目前最多500个基因，后续会升级到1000 gene panel。

4. 多样本适用性：目前适用于新鲜的/固定冰冻的超薄组织切片、细胞涂片等，短期内会实现FFPE样本方案。

5. 多种应用：涉及肿瘤学、免疫学、神经生物学、感染性疾病、发育生物学＆再生医学、药物开发、细胞和基因治疗等多个研究领域。

交互式软件&可视化数据

  可视化MERFISH数据的交互式软件MERSCOPE Vizualizer™，轻松查看您感兴趣基因的亚细胞水平上的空间位置。

成像分辨率：100nm

成像面积：1cm²

Panel规格：140genes，300genes 和 500genes

MERFISH：多重荧光原位杂交

(Multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization)

  RNA在细胞中的分布对其表达有很重要的调节作用，因此研究RNA的空间位置有很重要的意义。单分子荧光原位杂交技术(single-molecule FISH，smFISH)是进行原位基因表达检测的金标准，但其检测通量较低。

  华人科学家美国工程院院士庄小威(哈佛大学)发明了MERFISH(Multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization)多重荧光原位杂交技术，突破了传统的smFISH的技术通量低的缺陷，可以在单细胞中同时检测多至500种基因甚至更多。

MERFISH技术文章举例

1、 Stogsdill, Jeffrey A et al. “Pyramidal neuron subtype diversity governs microglia states in the neocortex.” Nature vol. 608,7924 (2022): 750-756. doi:10.1038/s41586-022-05056-7

2、 Fang, Rongxin et al. “Conservation and divergence of cortical cell organization in human and mouse revealed by MERFISH.” Science (New York, N.Y.) vol. 377,6601 (2022): 56-62. doi:10.1126/science.abm1741

3、 De Luca, Roberto et al. “Orexin neurons inhibit sleep to promote arousal.” Nature communications vol. 13,1 4163. 18 Jul. 2022, doi:10.1038/s41467-022-31591-y

4、 Zhang, Meng et al. “Spatially resolved cell atlas of the mouse primary motor cortex by MERFISH.” Nature vol. 598,7879 (2021): 137-143. doi:10.1038/s41586-021-03705-x

5、 Favuzzi, Emilia et al. “GABA-receptive microglia selectively sculpt developing inhibitory circuits.” Cell vol. 184,15 (2021): 4048-4063.e32. doi:10.1016/j.cell.2021.06.018

6、Lu, Yanfang et al. “Spatial transcriptome profiling by MERFISH reveals fetal liver hematopoietic stem cell niche architecture.” Cell discovery vol. 7,1 47. 29 Jun. 2021, doi:10.1038/s41421-021-00266-1

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