空间转录组：

在组织原位检测转录组基因表达的一种技术，将基因表达情况与原始的组织切片染色图像进行整合，从而将组织中不同细胞的基因表达情况定位到组织的原始空间位置上，使我们可以在检测基因表达水平的同时获得基因在组织内部表达的空间位置信息。

为什么要做空间转录组？

• 基因的表达是具有时空性的，时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材，使用测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得；

• 作为生物体的基本组成单位细胞，并不是独立存在的，空间位置是决定其性质的关键因素，例如肿瘤微环境、原肠胚的三个胚层发育；

• 常规转录组测序和单细胞转录组测序都难以还原细胞所处的原始位置信息；

• 传统的原位杂交技术又很难实现高通量检测。

主要应用研究方向

1. 获得多种样本切片中高通量的基因表达分析；

2. 揭示正常和病理组织样本的生物学结构；

3. 无扩增等操作引入的偏好性且原位捕获mRNA信息；

4. 将转录组测序得到的数据回溯到原始组织形态上；

5. 接近单细胞的分辨率；

6. 无需解离样本；

7. 发现新的组织标志物。

Visium空间转录组基因表达芯片示意图

每张芯片包含4个捕获区域，每个捕获区域含有约5000个带有形码标记的空间位置点，而每个点又包含数百万条带有空间条形码的捕获寡核苷酸探针。组织mRNA在释放后与带有条形码的寡核苷酸相结合，可实现基因表达信息的捕获。

• 捕获区域规格：6.5*6.5mm；

• spot直径：55μm；

• spot和spot的中心距离：100μm；